Es cierto ese problema (R siempre rellenará con silencios de redonda, porque es lo estándar en notación moderna, sea cual sea la duración del compás).
No te puedo dar la solución (Paco seguro que la tiene perfectamente en su cabeza), pero sí hacer alguna consideración personal sobre los criterios de edición.
Y es que, ¿por qué un silencio de compás completo se pone centrado en vez de donde comienza su "sonido" (es decir, falta de él) como con TODAS las demás notas o silencios?
Evidentemente, por tradición; no sé si la presunta mayor elegancia o legibilidad son reales o sólo costumbre (al menos la segunda, para mí, es falsa)
Para mí es una anomalía en la tipografía. Y cuando transcribo con valores sin reducir (y además con mensurstriche), opto conscientemente por usar siempre "r", alineada en su lugar de efecto, en vez de un silencio desplazado. Sobre todo cuando hay un valor largo (breve o longa) que atraviesa la barra de compás, o incluso ocupa más de un compás, y puede perderse de vista fácilmente si acaba o no al principio del compás que tiene el silencio, para mí es muchísimo más claro poner el silencio donde éste comienza.
Sé que no es el criterio habitual, que posiblemente sea la única persona en el mundo que edita así, y que muchos lo considerarán un error. Pero para mí es lo natural, y para los cantantes que trabajan conmigo, acaba por ser también natural, y reconocen que ayuda verlo (o no, si aun no toca) en su sitio real.
A fin de cuentas, además, el uso de los silencios, incluso si usamos notación original, pero en partitura, es totalmente anacrónico y falso. No deberían estar por compases, sino como el típico "gurruño" todo junto. Lo distribuimos por compases, por comodidad, e incluso usamos el símbolo de breve o longa, pero no los alineamos donde les tocaría... Para mí, y sé que es totalmente discutible (e insisto, no conozco a nadie más que use ese criterio), la forma más correcta visualmente.
Simplemente por ofrecer otra opción a considerar. :-)
En todo caso, Paco o alguno otro de nuestros gurús podrán darte respuesta.
Saludos
Nacho